Años después de la devastadora pandemia del virus «Simio», que acabó con la mayor parte de la humanidad, los simios, liderados por el inteligente César, han establecido una próspera comunidad en los bosques.
La paz se ve amenazada cuando un grupo de humanos supervivientes, inmunes al virus, buscan refugio en una presa cercana, un recurso vital para los simios. Las tensiones aumentan entre ambas especies, con algunos humanos temiendo a los simios y otros buscando cooperación.
César, buscando evitar el conflicto, se reúne con Malcolm, un humano compasivo, para negociar una tregua. La tensión entre los partidarios de la paz y la guerra dentro de ambas comunidades crece, poniendo a prueba el liderazgo de César y Malcolm.
Mientras tanto, un chimpancé llamado Koba, atormentado por su pasado como animal de laboratorio y resentido con los humanos, busca incitar a la guerra. Koba manipula a otros simios y pone en peligro la frágil paz, obligando a César a tomar decisiones difíciles para proteger a su pueblo y evitar una guerra sangrienta.