Dos años después de los eventos de El Amanecer del Planeta de los Simios, César y su comunidad de simios genéticamente mejorados han encontrado un refugio pacífico en un bosque. Sin embargo, su paz se ve amenazada cuando un grupo de humanos supervivientes, liderados por el despiadado Coronel (Woody Harrelson), cruza su territorio en busca de una presa.
Las tensiones aumentan rápidamente cuando los humanos matan accidentalmente al hijo de César, desencadenando un espiral de violencia entre ambas especies. César, consumido por la ira y el dolor, se embarca en un viaje para vengar a su familia y proteger a su pueblo.
En su búsqueda, César se encuentra con Maurice (Terry Notary), un orangután solitario y ermitaño que le ofrece información sobre una tierra lejana donde los simios podrían vivir en paz. Guiados por la esperanza de un futuro mejor, César y su comunidad se embarcan en un peligroso viaje a través de un territorio plagado de hostilidades.
Mientras tanto, el Coronel y sus hombres persiguen a los simios sin descanso, decididos a eliminarlos a toda costa. Su brutalidad no tiene límites y no se detendrán ante nada para lograr su objetivo.