La historia comienza cuando un barco europeo naufragado aparece en una aldea de pescadores japonesa. El señor feudal de la zona, Yoshii Toranaga, se entera del suceso y ve en el piloto inglés John Blackthorne, el único superviviente, una oportunidad.
Blackthorne, a quien llaman Anjin-san, llega a un mundo desconocido para él, lleno de intrigas políticas y rivalidades. No solo deberá lidiar con los diferentes clanes japoneses en lucha por el poder, sino también con la influencia de la Regencia, la Iglesia Católica e imperios extranjeros como España y Portugal.
Toranaga, un líder ambicioso con planes para unificar Japón, ve en Blackthorne y sus conocimientos occidentales un aliado potencial. Blackthorne, por su parte, debe aprender las costumbres y jerarquías rígidas del Japón feudal para sobrevivir.
Entra en escena Lady Toda Mariko, una mujer inteligente y con un fuerte sentido del deber. Obligada a casarse con un hombre cruel, se convierte en la traductora de Blackthorne. A medida que interactúan, surge una relación compleja entre ellos.
La serie profundiza en el choque cultural entre Oriente y Occidente. Blackthorne debe adaptarse a una forma de vida totalmente diferente, mientras que su presencia obliga a los japoneses a cuestionar sus tradiciones.
A lo largo de 10 episodios, Shogun 2024 narra la lucha de Blackthorne por ganarse un lugar en este mundo hostil, su alianza con Toranaga y las consecuencias que tiene para ambos en la carrera hacia la unificación japonesa.